Specjalizacje, zwiększają możliwości postaci w danej dziedzinie. Specjalizacja ma 3 poziomy które można zwiększyć poprzez trening z tzw. mistrzami specjalizacji. Każda specjalizacja może posiadać tylko jednego mistrza. Mistrz otrzymuje od razu wszystkie 3 poziomy oraz dodatkowy bonus.
Postać może być mistrzem tylko 1 specjalizacji! Mistrzem można zostać od chunina!

Ilość specjalizacji na rangę:
Genin: 1 specjalizacja do 2 poziomu
Chunin: 1 specjalizacja do poziomu 3 lub mistrza
Jonin: 2 specjalizacje do poziomu 3
Sannin: 3 specjalizacje
Kage: 3 specjalizacje